阿拉善右旗位于内蒙古自治区西部，是阿拉善盟下辖的一个旗。该旗历史悠久，其行政隶属关系在历朝历代中经历了多次变迁。

西汉时期，今旗境南部雅布赖一带属武威郡，额日布盖苏木等区域属张掖郡，其余大部区域属匈奴地。东汉时期，南部雅布赖一带仍属武威郡，额日布盖苏木等区域属张掖郡，其余大部区域转为鲜卑辖区。

三国时期，今旗境除南端额日布盖苏木等属张掖郡外，其余区域由河西鲜卑统辖。西晋时期，除南端属凉州西郡管辖、西南边部分区域属张掖郡外，大部分区域仍为河西鲜卑辖地。

东晋咸和二年（327年），今旗境属前凉政权管辖。前秦建元十八年（382年），归属前秦。后凉麟嘉七年（395年），属后凉。北凉永安九年（409年），归北凉管辖。北魏太和二十一年（497年），属凉州辖区。

隋大业八年（612年），今旗境南部和西南部属武威郡、张掖郡，其余大部属东突厥辖地。唐总章二年（669年），属呼延都督府管辖，隶关内道单于都护府。唐开元二十九年（741年），南部属陇右道凉州、西南少部分属甘州，隶属西河节度使。

元朝时期，今旗境基本属甘肃行省兀剌海路管辖范围。明朝时期，属袄尔都司统辖。清康熙三十六年（1697年），编设阿拉善霍硕特旗，今旗境属其西部区域。民国时期，沿袭清制，仍属阿拉善霍硕特旗西部地。

1949年10月15日，今阿拉善右旗属阿拉善霍硕特旗人民政府管辖。此后，先后属阿拉善霍硕特自治区、阿拉善自治区、宁夏蒙古自治区、甘肃省蒙古自治州阿拉善旗、甘肃巴音浩特自治州阿拉善旗管辖。

1956年4月3日，今旗境随阿拉善旗划归内蒙古自治区巴彦淖尔盟（今巴彦淖尔市）管辖。1961年4月22日，经国务院批准，撤销阿拉善旗建制，设立阿拉善左旗、阿拉善右旗。从此，阿拉善右旗成为旗县级行政区域建制单位。阿拉善右旗人民委员会驻雅布赖。同年5月31日，原阿拉善旗所属雅布赖、巴音温都尔、塔木素布鲁格、巴音淖尔、乌力吉笋布尔等5个人民公社划归阿拉善右旗。

1965年，阿拉善右旗人民委员会驻地由雅布赖迁驻额肯呼都格（俗称上井子）。1968年，成立阿拉善右旗革命委员会。1969年7月5日，巴音诺尔、塔木素格布鲁格、阿拉腾敖包、乌力吉、笋布尔等人民公社划入阿拉善左旗后一并划归宁夏回族自治区管辖；同时，阿拉善右旗及所辖其余人民公社划归甘肃省武威地区管辖。

1979年5月30日，中共中央、国务院决定，恢复内蒙古自治区1969年前的行政区域。同年7月，将阿拉善右旗划回内蒙古自治区。同年12月12日，按照国务院批准建立阿拉善盟的决定，阿拉善右旗划入阿拉善盟，将额肯呼都格改建为镇。1980年5月，将阿拉善左旗所辖的阿拉腾敖包、笋布尔、塔木素格布鲁格3个人民公社和两个牧场划归阿拉善右旗管辖。1981年，阿拉善右旗革命委员会改为阿拉善右旗人民政府，并建立阿拉善右旗人大常委会。