清河门历史悠久，远在新石器时期，已有先民在此繁衍生息。清河边门设于清康熙十五年（1676年），是清代柳条边21个边门之一，后改为20个。清河边门因临近清河而得名，清河门则是清河边门的简称。在较长历史时期中，清河门属义州管辖。清光绪十一年（1885年）建制为镇。民国元年（1912年），属锦州义州辖。翌年废州制，实行省、县制，改属奉天省辽沈道义县。民国十八年（1929年）5月废道制，仍属奉天省义县。同年末，东北易帜后奉天省改为辽宁省，清河门属辽宁省义县。民国二十一年（1932年），日本侵占东三省后建立伪满洲国，改辽宁为奉天省，清河门属奉天省义县。民国二十三年（1934年）12月，日伪实行新省制，划东北为14省，设锦州省，清河门属锦州省义县。民国三十四年（1945年）日本投降，同年9月中共辽西地委成立，清河门属辽西地委义县。民国三十五年（1946年）3月，国民党军队占领清河门，属辽宁省义县。民国三十六年（1947年）11月，东北民主联军解放清河门。

民国三十七年（1948年）初，热辽专区北阜义县联合政府在清河门建立，隶属热河省辽专区，为北阜义县第九区。民国三十八年（1949年）5月，撤销北阜义县联合政府，清河门改属辽西省义县，仍为第九区。中华人民共和国成立后，清河门仍隶属辽西省义县。1954年6月19日，辽西、辽东两省合并为辽宁省，清河门属辽宁省义县，为义县第九区。1956年至1958年，清河门隶属辽宁省锦州专区义县，先后为义县清河门乡、清河门镇、清河门区。1959年8月，清河门划归阜新市，建立阜新市清河门人民公社，同年10月隶属阜新市郊区办事处。1980年，撤销人民公社建制，改为清河门镇人民政府，仍隶属阜新市郊区。

1983年2月21日，经辽宁省政府批准，阜新市筹建清河门区。1983年9月20日，清河门区筹备小组正式开始对外办公。1984年3月31日，清河门区人民政府正式成立，隶属辽宁省阜新市管辖。至此，清河门区成为阜新市下辖的重要市辖区。今天的清河门区，承载着深厚的历史积淀，在新时代背景下，正稳步推进经济社会发展，不断焕发新的活力。