秦安县位于甘肃省东南部，天水市北部，渭河支流葫芦河下游。属陇中黄土高原西部梁峁沟壑区，山多川少，梁峁起伏，沟壑纵横，是全省十八个干旱县之一，也是全国扶贫开发工作重点县之一。县域东西长约65公里，南北宽约50公里，地势西北高而东南低。最大河流葫芦河由四大支流清水河、南小河、显清河、西小河等河流汇成，自北而南，纵贯秦安中部。县境内海拔1120米至2020米。属陇中南部温带半温润气候，年平均气温10.4摄氏度，正常年景年均降水量507.3毫米。

秦安县辖5个镇、17个乡，包括兴国镇、莲花镇、西川镇、陇城镇、郭嘉镇、刘坪乡、五营乡、中山乡、叶堡乡、安伏乡、魏店乡、王铺乡、千户乡、王窑乡、云山乡、王尹乡、兴丰乡。共有6个社区、428个行政村。县城所在地兴国镇是全县政治、经济、文化中心。兴国镇面积65.21平方千米，人口78843人（2005年数据），辖6个社区、28个行政村。兴国镇解放前称街泉镇，1954年改名为城关镇，1984年更名为兴国镇至今。2004年1月撤乡并镇后，全镇辖34个行政村，6个社区居委会。2006年撤销6个村，撤并后共辖28个村。

莲花镇位于秦安县东北部，地处静宁、庄浪、秦安三县交汇地带，面积94.52平方千米，人口42074人（2005年），辖26个行政村。2000年撤乡建镇，2006年撤销2个村，撤并后共辖26个村。西川镇位于秦安县城西郊，镇政府所在地距县城1千米，2001年撤乡建镇，被县委、县政府列为新城区。面积72.82平方千米，人口38939人（2005年），辖30个行政村。2006年撤销13个村，撤并后共辖30个村。陇城镇位于县城东部，距县城45千米，东连张家川回族自治县，南接清水县，地处三县交界地带。陇城镇历史悠久，三国古战场街亭就在境内，是古秦安四大集镇之一。史料记载，汉武帝元封五年（公元前106年），凉州刺史部治在陇城（古名为龙城）。面积78.94平方千米，人口31272人（2005年），辖22个行政村。2006年撤销8个村，撤并后共辖22个村。郭嘉镇位于秦安县北部，距县城20千米，地处通渭、甘谷、秦安三县交汇地带，人口45784人（2005年），辖35个行政村。2006年撤销7个村，撤并后共辖35个村。

刘坪乡位于秦安县东部，毗邻县城，面积58.1平方千米，人口23080人（2004年），辖21个行政村。2006年撤销1个村，撤并后共辖21个村。五营乡地处秦安县东北部，距县城45千米，是闻名中外的大地湾遗址所在地，面积99平方千米，人口39851人（2005年），辖31个行政村。2006年撤销1个村，撤并后共辖31个村。中山乡位于秦安县东部山区，距县城33千米，东与五营乡接壤，南同兴丰乡、清水县王河乡相邻，西靠刘坪，北依莲花乡，面积118.8平方千米，辖28个行政村。2006年撤销6个村，撤并后共辖28个村。叶堡乡位于秦安县中部，距县城北10千米处。乡境内的阳兀川（历史上称显亲川或敬亲川），从西汉时始治著名的成纪县至唐朝，曾是几个朝代的州、县治地，历时800余年。面积94.97平方千米，人口38519人（2005年），辖22个行政村。2006年撤销3个村，撤并后共辖22个村。安伏乡位于秦安县城偏北部，面积71.42平方千米，人口36218人（2005年），辖24个行政村。2006年撤销4个村，撤并后共辖24个村。魏店乡位于秦安县城北50千米处，西连通渭县，北、东接静宁县，南邻本县郭嘉镇、安伏乡，人口33492人（2005年），辖31个行政村。2006年撤销2个村，撤并后共辖31个村。王铺乡位于秦安县北部，是全县海拔最高处，最高海拔2012米，距县城42千米，面积147.2平方千米，人口30123人（2005年），辖30个行政村。2006年撤销5个村，撤并后共辖30个村。千户乡位于秦安县西部半山区，与甘谷县、麦积区交壤，面积76.84平方千米，人口26194人（2005年），辖34个行政村。2006年撤销17个村，撤并后共辖17个村。王窑乡距县城17千米，面积85平方千米，人口22777人（2005年），辖23个行政村。2006年撤销3个村，新成立1个村，撤并后共辖23个村。兴丰乡位于秦安县东南部，东接清水县王河、远门二乡，南接云山、王尹乡，西邻兴国镇，北与中山乡接壤，乡政府所在地兴丰村，距县城22千米，人口34215人（2005年），辖22个行政村。2006年撤销1个村，撤并后共辖22个村。云山乡位于秦安县东南部，东连清水县土门和远门乡，南接清水县郭川乡和天水麦积区石佛乡，西与王尹乡接壤，北邻兴丰乡，面积58.63平方千米，人口19025人（2005年），辖20个行政村。乡政府驻云山村，北距秦安县城22千米，南距天水市区31千米。2006年撤销1个村，撤并后共辖20个村。王尹乡位于秦安县东南部，东连云山、兴丰两乡，南接北道区石佛乡，西、北与兴国镇接壤，面积70.3平方千米，人口29030人（2005年），辖18个行政村。乡政府驻地尹家川村，西北距县城11千米。2006年撤销8个村，撤并后共辖18个村。