阿巴嘎旗位于内蒙古自治区锡林郭勒盟中北部，历史悠久，其古代行政归属经历了多次变迁。从西汉时期起，今阿巴嘎旗区域东西部分属匈奴和乌桓；东汉时期属鲜卑；三国、西晋时期仍为鲜卑统辖地。东晋至隋唐时期，先后属代、前秦、北魏、柔然、突厥等政权。唐朝总章二年（669年），今旗境属定襄都督府，隶属单于都护府；唐开元二十九年（741年），又转归突厥统辖。

辽、金、元时期，阿巴嘎旗区域分属契丹辽、金朝西京路北境及元朝岭北行省和上都路。明朝时期，该地为察哈尔万户地，蒙古族塔尔尼库同率部游牧于此，其部族称为阿巴嘎。清朝时期，阿巴嘎旗的行政建制逐渐确立：清崇德六年（1641年）设阿巴嘎右翼旗，辖今阿巴嘎旗西部地区；清顺治八年（1651年）设阿巴嘎左翼旗，辖境包括今阿巴嘎旗东北部和锡林浩特市西部地区。两旗均设札萨克管理旗务，隶属锡林郭勒盟。此外，康熙六年（1667年）设阿巴哈纳尔右翼旗，辖今阿巴嘎旗东部狭长地带，同样隶属锡林郭勒盟。

民国时期，阿巴嘎左右旗及阿巴哈纳尔右旗先后归察哈尔特别行政区、察哈尔省管辖。1937年“七·七”事变后，该地成为伪蒙疆政府辖境。1946年春，中国共产党在此开辟工作，建立民主政权，隶属锡林郭勒盟分会。1948年，成立中部中心旗工作委员会。1949年春，阿巴嘎右旗与阿巴哈纳尔右旗合并为西部联合旗，阿巴嘎左旗、阿巴哈纳尔左旗与浩齐特右旗合并为中部联合旗。1952年，西部与中部联合旗合并为新的西部联合旗，归锡林郭勒盟管辖。1956年，西部联合旗正式改称阿巴嘎旗。此后，行政区划历经调整：1959年将伊勒特公社划归锡林浩特，1963年10月锡林浩特改设阿巴哈纳尔旗，同年12月将阿巴嘎旗阿尔善宝拉格公社划归其管辖。

如今，阿巴嘎旗以其丰富的草原资源和独特的游牧文化，成为锡林郭勒盟的重要组成部分。