保店镇因镇政府驻地村名而得名。其历史可追溯至秦代，曾为胡苏亭所在地。秦、东魏、唐、金时期，这里先后是胡苏、临津县城的驻地。金太宗天会六年（1128年），因遭遇严重水患导致城毁，县治被迫东迁，此地随后改称保安镇。清朝时期，这里被称为包头店，后来逐渐演变为保店。

保店镇是山东省德州市宁津县下辖的一个镇，以其独特的驴肉产业而闻名。保店驴肉历史悠久，品质优良，在全国食品评比会上荣获部优产品称号。近年来，保店镇党委政府高度重视这一传统名优产品，将其作为振兴农村经济的重点项目来抓。当地已建立起集养殖、屠宰、深加工于一体的完整产业链，形成了规模化的生产基地。保店驴肉已成功注册“保店牌”商标，并被国家绿色食品发展中心评定为“绿色食品”，赢得了广泛的市场认可。

在荣誉方面，保店镇于2021年12月被认定为第二批山东省乡村振兴示范乡（镇、街）。2020年12月，山东省农业农村厅公布2020年山东省农业产业强镇名单，保店镇榜上有名。同月，保店镇还入选了2020年度山东省省级文明村镇社区名录。2019年7月，保店镇入选了2019年全国农业产业强镇建设名单。

在历史沿革方面，1956年撤区并乡时，保店镇为保店乡，隶属宁津县。1958年实行政社合一，成立红旗公社。1961年改名为保店公社。1984年政社分开，正式成立保店镇。2000年，张宅乡并入保店镇，形成了现在的行政区划格局。