二屯镇因镇政府驻二屯村而得名，其地名可追溯至明朝。明初德州设卫，该地为德州卫左所第二屯，由此形成村落。清末撤卫后，“二屯”作为地名一直沿用至今。历史上，各时期均在此设乡管理。

二屯镇位于鲁冀两省交界处，地处山东省德州市德城区、河北省吴桥县与景县三区县交界地带。镇机关驻地距德城区政府8公里。北与河北省吴桥县东宋门乡接壤，东与城区天衢街道办事处相邻，西与河北省庙镇隔南运河相望，南接城区新湖街道办事处。由于其独特的地理位置，这里素有“山东北大门、北京南大门”之称，是连接山东与河北的重要通道。

全镇辖8个社区和18个自然村，总人口约2.3万人。地形属于鲁西北平原，地势整体西高东低、南高北低。主要河流有南运河，在境内流长约18公里。德州大外环西北绕城枢纽贯穿镇域中部，交通便利，是德州市西部城区发展的重要引擎。

在经济发展方面，二屯镇实力突出，曾连续三年被评为全国民营经济强乡镇，现为国家级重点镇、省级中心镇和环境优美乡镇。2023年10月，荣获德州市乡村文化建设样板镇村称号。2021年3月，被确定为山东省首批教育强镇筑基试点乡镇。

二屯镇历史文化底蕴深厚，拥有北厂漕仓遗址，该遗址位于北厂村，年代为金、元、明时期。据史料记载，金朝天会七年（公元1129年），德州就设置了将陵仓，用于漕粮储运。至明清时期，运河德州段的仓储一度成为京杭大运河的重要节点，见证了古代漕运的繁荣。

在行政区划沿革上，1958年二屯为曹村公社二屯管理区，1961年9月建立二屯人民公社，1984年改称二屯乡，1994年9月撤乡设镇，称二屯镇至今。