孔店乡的名称源于当地历史。旧时，因有一孔姓村民在此开设了一间店铺，故得名孔店。此后，乡政府驻地设于此地，地名便沿用至今。

孔店乡位于安徽省淮南市大通区。其南与长丰县水湖镇接壤，东与定远、凤阳两县隔湖相望，北与大通区九龙岗镇相连，西与洞山林场相邻。1992年，在撤区并乡的行政区划调整中，由原长丰县的孔店乡、马厂乡、国营蔡城塘渔场以及水湖乡的东河、王祠两村合并，组成了新的孔店乡。2004年，区划再次调整，孔店乡由长丰县划归淮南市大通区管辖。

孔店乡是一个具有资源优势的特色乡。它北依舜耕山国家森林公园，山脉在该乡境内蜿蜒十数里，蕴藏着石灰石、水泥石、花岗岩和紫砂页岩等多种矿产。东部则紧邻著名湿地高塘湖，境内拥有15000亩水面，此外还有历史名塘蔡城塘5400亩水面，以及国营蔡城塘渔场的3000亩水面，全乡总水面达29044亩。在人文方面，悠久的历史留下了砂江坝商代遗址、钱鑫提督府遗址、刘备打草鞋、老虎洞等多处人文景观。

该乡也是典型的城郊型农业乡镇。目前已形成较为完善的区域化布局，建立了多个特色农业基地，包括以沈大郢村为重点的千亩无公害绿色蔬菜瓜果基地、以费郢村为重点的千亩经济林基地、以新街村为重点的万亩优质稻基地，以及沿湖的万亩水禽水产综合养殖基地。当地注册了“舜丰”牌优质大米，沈大郢西葫芦、柿元黄瓜已获批为国家无公害农产品。水产养殖面积大、品种多，并正逐步建成集垂钓、休闲、娱乐为一体的产业链。

孔店乡人口众多，但也是自然灾害频繁的乡镇。全乡总面积148平方公里，耕地面积74184亩，辖22个行政村，总人口约49500人。乡内公共服务设施较为齐全，拥有教师192名，中学2所，小学18所，教学点2个，乡级敬老院2所，村级敬老院4所，乡卫生院2所，村卫生室22个，农村广播基本做到了村村通。然而，由于地处典型的丘陵地区，水资源在时间和空间上分布不均。东部沿高塘湖的8个村水资源较丰富，而中西部和沿山的14个村则水资源匮乏。雨量季节分布极不均匀，夏季多雨，春秋两季少雨，是典型的易涝易旱乡。2002年，孔店乡被列入省级江淮分水岭综合治理乡镇。2016年6月，孔店乡被命名为第十批安徽省省级生态乡镇。