南嘴镇因人民政府驻地位于南嘴村而得名。唐宋时期，八百里洞庭湖烟波浩渺，长年有无数商旅、渔船经过。每遇风暴，船员们第一念头就是抢靠南面的山嘴，久而久之，此地便称为南嘴。

南嘴镇隶属于湖南省益阳市沅江市，历史悠久。南朝梁普通三年（522年）即属沅江县域。明洪武十年（1377年）沅江并入龙阳县（今汉寿县），洪武十三年（1380年）恢复沅江县建制。清、民国时期，赤山以骑龙分水为界，山之西半部仍隶汉寿县，先后设赤山总、蠡山乡；东半部归隶沅江县，设赤江湖保、蠡云乡。1950年12月，蠡山乡划归沅江改名北蠡乡。1958年10月始设赤山公社，其后改为赤山片、南嘴乡。1995年10月设镇，明月乡、目平湖乡并入。

南嘴镇下辖百家沟、鲤鱼塘、周家村、张家村、南嘴村、东村、西村、伍家嘴、廖家村、羊婆村、余家村、鸡婆村、芭蕉村、张家坪、双塘村、花塘村、创立、创业、创新、创建、创举21个行政村和渔场、渔村、1个新南居委会、165个村民小组。2002年末总人口20594人，出生率8.4‰。驻镇单位有金太阳纸业公司、湖南省第一监狱、沅江化学厂、湖南省粮食储备库和益阳市石油储备库。

2002年，南嘴镇党委、政府把调整农业产业结构作为工作重点，制定了“一改二扩三调”具体实施方案，改良柑桔品种，扩种黄花、瓜果面积，调整水稻种植、渔业养殖和特种养殖。采取领导包村、干部包片、村干包组、组长和党员包户的方式促进方案实施。当年柑桔产量9200吨，产值640万元；黄花产值40多万元；其他瓜果产值250万元。渔业水面增加网箱600只，产量130吨，增产100多万元；珍珠养殖10万个，产值达50万元。

2002年，南嘴镇所辖目平湖垸的创立、创业、创新、创建、创举等五村和渔场被国家纳入移民搬迁单位，共搬迁1063户、3359人，建移民楼15栋、住房265套，增加商业门面98个，楼位设计漂亮，质量标准较高。同年农业税费改革后，农民减负50万元，人均负担由140元降至110元，全年完成各类税收182.6万元。此外，还偿还基金会贷款13万元，撤并小学3所、中学1所。村委班子顺利换届，新上任13人，文化程度初中以上，基本实现年轻化、知识化。

2002年，南嘴镇工农业总产值16100万元，财政收入440万元，农民人平纯收入2400元，财政工作荣获湖南省“双文明”单位。2013年12月，南嘴镇入选第五批湖南省省级生态乡镇名单。镇内文化旅游资源有刘武墓，位于沅江市南嘴镇余百新村百家沟组，时代为当代，类型为近现代纪念建筑及重要史迹。