畖底镇地处峨嵋岭腹地，因镇政府驻中畖底村而得名。地名源自古代村落位于北垣东南端峨嵋岭下的低洼处，最初被称为“凹底”。古人因觉“凹之底”不雅，用“凹”字的音切出“田、瓜”二字，组合成“畖”字，遂得名畖底。随着村庄扩大，按方位分为东、中、西三畖底，旧称“三畖底”。

全镇共有25个行政村，131个居民组，现有人口7181户、29388人。总耕地面积达82987亩，是闻喜县优质小麦的重要生产基地。全镇优质小麦种植面积超过4万亩，以此为原料制作的“北垣馍”在当地享有盛誉。除小麦外，该镇的山楂加工产业规模可观，现有山楂食品品种37个，年产量达万余吨，年产值超过4千万元。金银花种植面积达1704亩，年产量约17.04万公斤；大红袍花椒种植面积2730亩，年产量约50万公斤。中药材种植是该镇的传统优势产业，全镇药材种植面积近万亩，包括远志、甘草、柴胡、丹参、贝母、板兰根等品种，其中峨嵋远志闻名全国。此外，“稷王”牌柿叶茶曾荣获“世界第五十一届尤里卡博览会金奖”，并被列为“全国消费者信得过产品”。2020年全镇人均纯收入为2180元。

2025年5月，畖底镇入选运城市第二批市级地名保护名录（千年古镇），体现了其深厚的历史文化底蕴。镇域内的康村碑楼为清代古建筑，位于康村1号，保护范围东至基座东2米，南至基座南14米，西至基座西5米，北至基座北10米。大马古城址位于镇内东大马村东、西大马村北、栗村与下官张村南范围内，为东周至汉代古遗址，是春秋时期清原城所在地，对研究晋国古城址的建制具有重要价值。

畖底镇与薛店镇、阳隅乡俗称“北垣”。1943年设立稷麓县，北垣西部划归稷麓二区。1945年畖底属绛南县，1947年属五区政府，设四区民主政府西畖底行政村。1948年10月绛南县撤销，北垣划归闻喜。1949年10月五区辖现畖底镇、薛店镇、阳隅乡，惯称“北垣四十八个村”。1953年设五区人民政府西畖底行政村。1954年区级机构撤销，北垣八个乡合并为畖底、薛店两个乡。1958年东畖底、中畖底、西畖底属北垣人民公社。1961年畖底从北垣公社划出，成立畖底人民公社。1984年根据省政府（84）晋政函79号文，更名为畖底镇。