天津市津南区小站镇的地名由来，可追溯到清同治十三年（1874年）。当时在马厂和新城之间修筑了“马新大道”，沿途设立驿站，每40里一大站，每10里一小站，共设大站4所、小站11所。光绪元年（1875年），盛字军由马厂移屯涝水套，这里是大沽以西的第五个驿站，军士习惯称其为“小站”，这便是今日小站地名的由来。

小站镇位于大沽海防与天津城厢中间，系京津屏障，进能挡关，退可纵横，乃历代兵家屯兵及防御之地。1870年天津教案爆发后，直隶总督李鸿章调周盛传部“盛字军”屯防于直隶青县的马厂练兵，同时负责修建新城炮台。为了方便交通，盛字军在马厂至新城间修筑马新大道，沿途分驿站，每20公里设一大站，每5公里设一小站，这个小镇因此得名“小站”。清光绪二十一年（1895年），袁世凯在小站练兵期间，曾将小站改名为新农镇，辛亥革命后复名小站。

小站镇不仅以练兵历史闻名，更以“小站稻”享誉全国。当地农民引进南方优质稻种，并与朝鲜“银坊”等稻种杂交，培育出米粒洁白圆润、香甜可口的“小站稻”，素有“一家煮饭，四邻飘香”之美誉。原本人烟稀少、满目荒滩的小站地区，由此成为阡陌纵横、流水潺潺的北国鱼米之乡。“小站稻”也成为我国当时唯一以生产区域命名的水稻品种。

在荣誉方面，小站镇屡获殊荣。2023年11月，小站镇被确定为2023年天津市乡村治理示范村镇。2023年8月，农业农村部、财政部发布首批国家农业产业强镇名单，小站镇（小站稻）榜上有名。2022年10月，小站镇入选2022年淘宝镇名单。2020年5月，小站镇被确定为2020年农业产业强镇建设名单。2015年7月，小站镇入选第三批全国特色景观旅游名镇名村示范名单。

小站镇的文化旅游资源丰富。小站练兵园位于津南区小站镇，占地约300亩，总投资3.2亿余元，总建筑面积8.77万平方米，建成于2008年，是天津市“近代中国看天津”旅游板块重点项目之一，目前为国家3A级旅游景区。此外，天山海世界·米立方水上乐园拥有国际顶级水上休闲游乐项目，集惊险、刺激、动感、娱乐、休闲于一体，以多种水上滑道、24种不同类型的海浪和500米长的探险漂流为核心。名洋湖都市庄园坐落于小站镇南部，占地面积6300多亩，紧邻滨海新区，距北京149公里，距天津中心区20公里，交通便利。周公祠坐落于津南区小站镇会馆村，建于1890年，系为纪念周盛传、周盛波兄弟所建。

从历史沿革来看，小站镇1948年12月解放，为小站镇驻地。1949年1月天津解放，属天津县第六区。1953年设小站镇，属天津市津南郊区。此后历经多次区划调整，先后属天津市河西区、南郊区。1964年小站公社析置小站镇。1966年小站人民公社改为红旗人民公社，小站镇改名工农镇。1983年撤销公社建制改为小站乡。1985年6月30日乡镇合并为小站镇。1992年3月6日属天津市津南区至今。