据考古发掘，自新石器时代起，东马圈周边地区即有人类活动遗迹。境内最早的考古发现为辽元时期村落遗址，分别为董标垡、小蘑菇屯、半城遗址。由此可见，至少在辽元时期，东马圈境内即有村落形成，距今已一千多年。自辽代起，境内曾经历六次徙民迁入。明朝洪武初年以后，各路移民来此定居，依河建村，凭马房、马圈立户。

清末东马圈只有几十户人家，到光绪七年（1881年）境内已有13个村，533户人家，旗粮地13700000平方米。庙宇34座，学堂17个，街道26条，井81口。呈现出村村有街道，村村有水井，村村有庙宇，村村有学堂的初步繁荣景象。

光绪二十二年（1896年），京山铁路天津段通车后，因紧靠落垡车站，经济日渐繁荣，人口逐年增多。1914年武清县属京兆特别区，境域随之归属。1928年撤销京兆尹公署，武清隶属河北省，为列一等县，境域随之归属。1934年，武清县设八区，辖369个自治乡。因东马圈紧临京山铁路，相对繁华，设为乡置。

1953年县实行区、乡两级建制，东马圈区下辖11乡，39个村。1957年，撤区并乡，十一区改为东马圈乡。1958年，东马圈乡和豆张庄乡合并，改为东马圈人民公社。1968年东马圈公社成立革命委员会。

1995年5月1日，经天津市民政局批准，东马圈镇撤乡建镇，改称东马圈镇，名称沿用至今。如今，东马圈镇作为天津市武清区下辖的一个镇，延续着千年的历史积淀，在新时代继续向前发展。