菁芜洲镇因该地曾是草木丛生的荒芜沙洲，故名菁芜洲。

菁芜洲镇位于通道侗族自治县中部，东与临口镇、下乡乡相邻，西与地阳坪、县溪镇毗连，南与双江镇、牙屯堡镇交界，北与江口乡、溪口镇接壤。镇政府驻地菁芜洲村，辖兴菁居委会，以及菁芜洲、地朗坪、车控、地连、水南、里勇、寨头堡、銮塘、小江、马头、地会、八路、老王脚、江口、曹家冲、蒋家堡、九龙桥、芙蓉、坪溪共19个村委会。

境内群山起伏，溪河环绕，海拔600米以上的山峰有5座，最高峰塘头岭海拔768.9米。双江河、羊须河、金殿河分别自南、北、西三方入境，流程共23公里。全镇建有小型水库5座，其中小（一）型1座、小（二）型4座，总库容量210多万立方米，有效灌溉面积达2000亩。金竹滩水电站装机容量750千瓦。镇内32公里的县、乡道连接周边乡镇，实现了村村通公路。

菁芜洲镇人文底蕴深厚，拥有两处省级重点文物保护单位。陈团寨门位于菁芜洲镇陈团村，由寨门2座、鼓楼3座组成，分别建于上、下陈团侗寨入寨处，始建于清代。菁芜洲江口寨门位于江口村，年代为清至民国时期。这两处寨门均于2013年被湖南省人民政府列为省级文物保护单位。此外，当地芙蓉农家制作的腌菜味道香醇，是制作扣肉的上等配菜，颇具地方特色。

历史上，菁芜洲镇民国时期属绥宁县蓉江乡。1951年划入通道县第五区。1954年随通道侗族自治县成立。1956年设菁芜洲乡。1958年并入双江公社。1961年从双江公社析出，建立菁芜洲公社。1984年改为菁芜洲乡。1999年9月，经批准撤乡设镇，改为菁芜洲镇。

2013年12月，菁芜洲镇入选第五批湖南省省级生态乡镇名单，成为全省生态建设的重要示范乡镇之一。