南三镇得名于明代。明洪武九年（1376年），吴川县将南部划为南一都、南二都、南三都，本镇当时属南三都，南三镇因此而得名。

南三镇是广东省湛江市坡头区下辖的一个镇，位于区域南部，是一个美丽的海岛，距坡头区政府约16公里。全镇面积约122平方公里，人口约7.2万。从西至东有一条18公里长的公路贯穿全岛，水路则有车渡码头通往湛江市区。南三镇下辖光明、海丰、新南、灯塔、白沙、兰田、田头、南米、麻弄、南告、五里、巴东、东湖共13个村委会。

南三镇的农业生产以水稻为主，同时兼产蔬菜。这里海滩涂面积很大，非常适合发展海水养殖和放养鸭群。位于岛东南部的南三岛旅游度假中心，是湛江市著名的旅游度假区之一。

在荣誉方面，南三镇于2024年3月被命名为2023年广东省卫生乡镇。根据2021年6月第七次全国人口普查结果，南三镇人口数量为6.63万人，位列坡头区各街道乡镇人口数量排行榜第2位。

南三镇有着丰富的历史文化遗存。位于田头村的陈氏小宗祠始建于清康熙二十九年（1690年），由陈上川“奉金归本”建成。该宗祠坐北向南，砖木结构，面宽三开间18.5米、进深共42.9米，总面积约793平方米，采用琉璃瓦剪边，是当地重要的历史建筑。

南三镇的历史沿革悠久。明洪武九年（1376年）属高州府吴川县管辖，称南三都。清光绪二十五年（1899年）曾被划为法国租界地。1949年湛江解放后，南三都属吴川县滨海区，改称南三乡。1958年成立南三公社，1961年改为南三区，1963年复名南三公社。1983年改称南三区，属湛江市郊区。1984年坡头区成立后，南三区划归坡头区管辖。1987年，南三区正式改为南三镇。