据《吴氏家谱》记载，明天顺年间（1457－1464），吴氏由玉皇庙来此经商，以开店为生，立村名为吴店。因镇政府驻地位于吴店村东而得名，后因镇政府位于此，故名吴店镇。

牡丹区吴店镇是2000年经山东省人民政府批准成立的中心镇，现辖38个行政村、1个社区、88个自然村，总面积58.3平方公里，人口5.4万人，耕地5.2万亩。吴店镇位于菏泽市牡丹区城乡结合部，镇机关距日东高速公路入口处2公里，距区委、区政府7公里。省道菏刘路、临商路纵贯南北，日东高速公路横穿东西，境内设有西出入口，水、电、路、讯等基础设施日臻完善。

吴店镇资源丰富，环境优良，围绕板块经济已形成绿色瓜菜、优质杂果、畜牧养殖三大主导产业。目前绿色瓜菜面积达12000亩，优质杂果8000亩，形成以“三元猪”为主的特色养殖小区8个、专业村10个。该镇按照“税赋从轻，优惠从宽，手续从简”的原则，在项目建设服务上实行“一条龙”跟踪服务，对企业实行封闭式管理，全力创造优良的发展环境。民营经济蓬勃发展，现拥有各类企业100余家，涉及化工、机械制造、木材加工、农副产品加工等10余个行业，其中骨干企业8家。广源铜带产量可达3万吨，产值达8亿元；统和木业中密度纤维板生产线达8万立方米；金珠化工年产量可达900吨。鑫泰集团投资3000万元对阿帝兰公司进行改造和扩建；广源油嘴、牡丹地毯、成宇化工、成开装饰、科迪棉制品、印铁制罐等10余家中型企业也得到蓬勃发展。计划投资4000万元的鑫泰化工已竣工投产。工业园区内金象内燃机械、佳合制衣、科教仪器、康健卫生材料等10余个新项目正紧张建设中。广源铜带股份有限公司即将上市，计划投资13.7亿元的6万吨电子电器精密铜带项目正紧张运作中，经济运行态势良好。

吴店镇先后获得多项荣誉：2023年入选山东省省级农业产业强镇名单；2022年上榜淘宝镇名单；2022年被确定为第三批山东省乡村振兴“十百千”示范创建乡（镇、街）；2021年入选淘宝镇名单；2014年被环境保护部授予2012—2013年度国家级生态乡镇称号；2013年被山东省政府办公厅公布为“百镇建设示范行动”第二批示范镇。

历史沿革方面：1957年撤区并乡，为吴店乡；1958年成立人民公社时，分属杜庄、小留、吕陵3个公社管辖；1979年1月成立“吴店人民公社”；1983年12月撤社建乡时设立吴店乡；1995年10月撤乡设立吴店镇；2000年12月菏泽撤地设市，原刘寨乡并入吴店镇。