云冈镇因境内拥有世界文化遗产云冈石窟而得名。云冈这一名称最早见于明代，特指武周山最高峰，这一记载出现在明嘉靖四十三年（1564年）的《重修云冈堡记》中。云冈石窟原名石佛寺，在明正德年间编纂的《大同府志》卷2土堡中记载，大同前卫有石佛寺堡，后来该堡被称为云冈下堡。根据明代《宣大山西三镇图说》所述，由于云冈下堡地势低洼、北面易受攻击，于是在北崖筑起新城堡，称为云冈新堡或云冈上堡，该城堡至今保存。

2021年，云冈区进行了行政区划调整，撤销姜家湾街道，将其整建制并入云冈镇。调整后的云冈镇行政区域包括原姜家湾街道、原云冈镇以及原平城区马军营乡小站村，镇人民政府驻地设在小站村。

云冈镇在各方面取得了显著成就。2023年11月，被山西省爱国卫生运动委员会命名为2023至2025年山西省卫生乡镇。早在2005年10月，云冈镇就上榜第一届全国文明村镇名单；2009年1月，再次上榜第二届全国文明村镇名单。此外，2003年9月，云冈镇入选第一批山西省历史文化名镇名村。

镇内文化旅游资源丰富。吴官屯石窟位于云冈镇吴官屯村西约100米处，为北魏时期开凿，东西长60米，高约3米，分布面积约180平方米，坐北朝南，依山而建，现存窟龛32座，是第五批省级文物保护单位。云冈南梁遗址位于云冈村东南、武周川南岸的台地上，时代属于新石器时期，保护范围以文物本体为界，四周各向外延伸10米，建设控制地带以保护范围为界，四周各向外延伸30米。小站遗址位于原马军营乡小站村西南，时代属于旧石器时期，保护范围以文物本体为界，四周各向外延伸30米，建设控制地带以保护范围为界，四周各向外延伸100米。

从历史沿革来看，1949年云冈地区属大同县管辖；1953年成立云冈乡政府，归大同市第三区管辖；1954年划归大同市郊区；1958年归口泉区管辖，并设立云冈人民公社；1960年3月成立云冈区，云冈公社归其管辖；1961年该社又划归口泉区；1966年归南郊区；1970年归新荣区；1971年再次归南郊区。1984年6月，撤销云冈人民公社，设立云冈镇并延续至今。