肃州镇因清代在此设肃州坊而得名。它位于甘肃省酒泉市敦煌市西郊，东连市区沙洲镇，西至石油城七里镇，南靠敦七公路开发区，北与黄渠乡接壤。全镇行政区域面积约90平方公里，其中耕地面积52161亩，辖16个行政村，77个村民小组，5474户，20448人，非农业人口144人。

民国元年（1912年）后，肃州镇属永宁乡一、二、三、四、五保。1949年10月建政后，分属永宁区（四区）的永平、永和、永乐、永胜4乡。1955年撤区并乡为第七乡、第八乡。1958年成为敦煌公社河西大队肃州中队、孟家桥中队。1961年成立肃州公社、孟家桥公社。1966年改名东风公社、红卫公社。1969年恢复肃州公社、孟家桥公社。1983年改为肃州乡、孟家桥乡。2000年肃州乡改镇。2005年12月31日，原孟家桥乡并入肃州镇。

肃州镇经济发展成效显著。2005年全镇国内生产总值达到21352万元，其中农业增加值10419万元，企业增加值10933万元，镇企业总产值45107万元，镇财政收入341万元，农民人均纯收入达到4517元。农业结构调整实现新突破，全镇共打建二代日光温室947座、908亩，定植优质葡萄2560亩，建成了全省唯一一家20000亩的彩色棉种植繁育基地，还建起特种特禽养殖场15家，规模养殖户144户。乡镇企业迈出新步伐，通过改制、兼并组建了天河、鑫棉、苏坤、矾厂、棉制品公司等股份有限责任公司。其中天河公司以建筑建材、房地产开发、商贸、餐饮为主，拥有总资产2755万元，2005年企业总产值达2010万元；鑫棉公司以石棉产销、棉花收购加工、民用建筑为主，拥有总资产5742万元，2005年企业总产值达3210万元；苏坤公司以生产水泥为主，年产能力4.4吨，拥有总资产1599万元。乡镇企业已成为支柱产业，带动了二、三产业迅速发展，2005年全镇从事二、三产业的人员达3050人，人均收入达1370元。

肃州镇凭借突出成绩获得多项荣誉。镇党委、政府先后被授予全国民政工作全优乡镇、全省明星乡镇、全省先进基层党组织、全区综合经济实力“十强”乡镇，被地委命名为“六好”乡镇党委和文明单位。1995年被国家建设部列为部级小城镇建设试点乡镇，1999年被列为全省小城镇综合改革试点乡镇，2002年被列为全国小城镇综合改革试点镇。2021年4月，肃州镇入选农业农村部、财政部2021年农业产业强镇创建名单。2019年1月，被甘肃省爱国卫生运动委员会命名为2018年度甘肃省卫生乡镇（街道）。