巡检司镇因明嘉靖元年（1522年）设置“巡检司”这一古代管理机构而得名。巡检司始于五代、盛于两宋，主要职能是盘查过往行人、缉拿奸细、打击犯罪，类似今天海关的职责。明嘉靖二年（1523年）此地正式设关卡巡检司，1987年正式设立巡检司镇。

巡检司镇位于云南省红河州弥勒市西南部，东与竹园镇、朋普镇接壤，南与开远市小龙潭镇接壤，西与建水县盘江乡隔江相望，北与五山乡和虹溪镇接壤。距弥勒市区89公里，是弥勒市最偏远的山区少数民族乡镇。全镇国土总面积395.45平方公里，最低海拔1050米，最高海拔2004米，年平均气温19.8℃，年平均降雨量约900毫米，全年无霜期超过330天。

全镇辖11个村（居）民委员会、103个村（居）民小组，共有9836户、31043人。主要农作物有烤烟、甘蔗、水稻、玉米、小麦和冬早蔬菜，其中烤烟是主要经济作物。镇党委下设12个党总支、110个党支部，有党员1168名。

巡检司镇是弥勒市的工业发源地。辖区内现有云南南磷集团年产5万吨的工厂，以及装机容量为2×300MW的云南华电巡检司发电有限公司。民族文化底蕴深厚，阿哲歌舞艺术丰富多彩，下高甸生态民族文化旅游村是弥勒旅游业“一心两带五聚集”布局中红万—可邑—高甸民族风情聚集区的重要组成部分。陶瓦村女子“祭龙”是全世界独一无二、古朴神秘的民俗节日活动。百年滇越铁路更是云南近代文明和东西方文化交融的见证。

2018年上半年，巡检司镇工农业稳步发展，农村经济总收入达到4.8亿元，农民人均收入12104元。实现一般公共预算收入714.37万元，规模以上固定资产投资22429万元，招商引资省外实际到位资金500万元。